Nella maggioranza dei casi è necessario accedere a phpMyAdmin attraverso il pannello di controllo del sito. Molti domini hanno però una scorciatoia nella URL, che rende l'accesso molto più comodo e veloce: http://www.dominio.tld/phpmyadmin.
All'accesso del programma phpMyAdmin viene chiesto normalmente il login, salvo alcune configurazioni dove l'utente è già conosciuto, come ad esempio nelle configurazioni da postazioni business con IP statico (fisso):
Dopo il login, si seleziona sulla sinistra il database desiderato. Qualora si dispone di un solo database, potrebbe darsi che viene mostrata immediatamente la struttura del database. L'area dove trovare i database disponibili è la seguente:
Quando è selezionato il database, viene mostrata la sua struttura, fondamentalmente una lista di tabelle e il conteggio approssimativo di righe:
In alto si trovano diversi titoli, i cosiddetti "tab", ossia categorie di operazioni, che si illuminano con un colore diverso al passaggio del mouse. Il backup viene effettuato dalla voce "Esporta". Si impostano i valori come segue:
Il salvataggio del database conviene fare sulla macchina locale, e quasi sempre conviene scaricarlo con il metodo gzip, disponibile su pressoché tutte le implementazioni. Il formato ZIP potrebbe essere troppo lento:
Alla fine bisogna cliccare il pulsante Esegui e attendere che termina il download:
Dato che non è disponibile la dimensione, l'attesa dipende da valori di esperienza e dalla stima della dimensione complessiva, nonché la velocità della linea e del server. In media, al minuto si scaricano 10-20 MB.